고교 평준화제도 시행후 반복돼 오던 문제점을 보완하고, 강남이 교육특구로 부상하는 등 지역균등 원칙을 제고하는 한편 학생의 학교선택권을 부분적으로 보장, 학교 간 경쟁을 촉발해 공교육을 개선한다는 취지로 마련된 고교선택제가 시행초기부터 실효성 논란에 휩싸였다.

명문 사립고에 대한 지나친 쏠림현상을 막고 비선호학교의 수준을 향상시키겠다는 당초의 취지와는 달리 실효성 있는 대책이 매우 부족한 데다, 후기고 원서접수 보름을 남겨둔 상황에서 갑작스레 원안이 수정됨에 따라 학부모들의 비난을 피하기 어렵게 됐다.

이번에 변경된 고교선택제는 학교 배정방식이 추첨 방식이 가미된 부분 선택제로 바뀌었다는 점이 특징이다.
기존에는 학생들이 1, 2단계에서 서울의 전체학교와 거주지 학군을 대상으로 2곳씩 지원할 수 있다. 1단계는 완전 추첨 방식으로 서울시내 전체 일반계 고등학교를 선택하도록 해 그 중 20%를 선발하고(중구의 경우 60%) 2단계에서는 관할 지역구 내에서 학교를 선택하도록 해 40%를 추첨으로 배정하도록 했었다. 마지막 3단계에서는 통학 편의 등을 고려해 거주지학군과 인접학군을 포함한 통합학교군에 강제 배정된다.

고교선택제가 처음 발표된 것은 2007년 2월. 평준화제도 보완 및 수월성 교육을 기치로 내건 당시 공정택 서울시교육감은 『교육 수요자의 요구를 학교교육에 반영하기 위해서』라고 도입 취지를 설명했다.

학생과 학부모에게 스스로 학교를 선택할 수 있는 권리를 부여하면 그 결과에 따라 학교 간 경쟁을 유발할 수 있고 교육의 질적 수준도 제고될 것으로 본 것이다.
그러나 개정된 고교선택제는 1단계만 추첨방식으로 운영하고 2단계부터는 추첨을 포함한  교통편의 위주로 배정하겠다는 것으로 방법이 변경된 것이다.

서울시교육청은 변경전 일단 최소한 10명 중 8명 정도의 학생은 스스로 선택한 학교에 배정받지 않겠느냐는 전망을 해 왔다.
지난 4월 중 3학생 9만5000여 명을 대상으로 자체 실시한 2차 모의배정 결과를 분석한 결과, 전체학생 중 81.5%가 원하는 학교에 배정된 것에 근거한 것이다.

그러나 제도 시행 보름을 앞두고 선호학교가 몰려 있는 지역에 대해 2단계 배정방식을 변경한 것 역시 두고두고 논란이 될 가능성이 크다.

서울시교육청은 배정방식 변경 이유에 대해 『지원이 몰리는 인기학교의 경우 오히려 인근지역 학생들이 선택에서 제외될 수 있는 불합리함을 막기 위해 추첨과 교통편의 위주로 변경된 것』이라면서 『3단계 역시 2단계 지망학교를 우선으로 해 배정할 수 있도록 하겠다』고 설명했지만, 희망학교에서 멀리 떨어진 곳에 살고 있어 사실상 해당 학교에 배정받을 희망조차 사라진 학생과 학부모들은  이같은 설명이 이해하기 힘들다는 반응이다.

고교입학을 앞두고 있는 한 학부모는 자신의 인터넷 카페를 통해 『거리와 통학 문제는 학부모와 학생이 이미 충분히 고민한 후 원서를 작성한 만큼 교육청이 고민하지 않아도 될 부분』이라고 비판했다. 또 다른 학부모는 『교육청의 변경이유 자체는 말이 안된다. 누구라도 인기학교가 집중된 강남 등 일부 지역의 입김이 작용했다는 사실을 알 것』이라면서 『아이들을 볼모로한 엉터리 교육정책을 더이상 두고볼 수 없다』며 성토하기도 했다.

한편 서부교육청 관계자는 『2단계 선택학교 중 근거리 우선 배정하겠다는 서울시교육청의 지침만을 전달했을뿐 거리가 얼마나 될지 혹은 지역에 맞는 거리가 어디까지 포함되는지 구체적인 내용은 알수가 없다』고 답변해 대상 학부모들과 학생들의 궁금증만 증폭되고 있다.
고교배정은 2월 12일 확정될 예정이다.